Mundharmonikas tauchten erstmals im 19. Jahrhundert in Wien auf. Mitte des 19. Jahrhunderts gab es nicht weniger als drei Unternehmen, die Mundharmonikas herstellten: CA Seydel Söhne, Jazzband Kitzbühel  Christian Messner Co. und Wurtt Harmonikafabrik Ch. WEISS. Nur CA Seydel ist derzeit noch im Geschäft.

Bis zum Ende des 19. Jahrhunderts wurden Mundharmonikas in ganz Europa in Massenproduktion hergestellt und entwickelten sich zu einem bedeutenden Geschäft. Bis weit ins 20. Jahrhundert wurden neue Designs entwickelt, wie die chromatische Mundharmonika, die Akkordharmonika und die Bassharmonika. Zu den neuen Designs, die in diesem Jahrhundert eingeführt werden, gehören der Hohner XB-40 und der Suzuki Overdrive. Größere Unternehmen sind heute in Japan, Deutschland, China, Brasilien und den Vereinigten Staaten zu finden.

Die ersten Mundharmonika-Aufnahmen in den Vereinigten Staaten wurden in den 1920er Jahren gemacht. Diese Aufnahmen waren hauptsächlich für den südlichen Schwarzmarkt mit Künstlern wie DeFord Bailey bestimmt. Es wurden auch Aufnahmen im Hillbilly-Stil für weißes Publikum gemacht, in denen Künstler wie Frank Hutchinson und Gwen Foster auftraten. Die Mundharmonika wurde zu dieser Zeit hauptsächlich als Spielzeuginstrument angesehen und etwas, das hauptsächlich von den Armen gespielt wurde.

Dies änderte sich in den 1930er Jahren, als Larry Adler zu den ersten Mundharmonikaspielern wurde, die große klassische Stücke spielten, die von den Komponisten Malcolm Arnold, Ralph Vaughan Williams, Arthur Benjamin und Darius Milhaud speziell für die Mundharmonika geschrieben wurden.

Während des Zweiten Weltkriegs hatten die Vereinigten Staaten einen Mangel an Mundharmonikas aufgrund des Mangels an Metall- und Holzmaterialien, die damals zur Herstellung von Mundharmonikas verwendet wurden, dank der Nachfrage des Militärs nach diesen Materialien. Als ob dies nicht schon schlimm genug wäre, waren Deutschland und Japan die Hauptproduzenten von Mundharmonikas, beide Achsenmächte, die während des Krieges Feinde der Vereinigten Staaten waren. Zu dieser Zeit wurde die Mundharmonika aus geformtem Kunststoff von einem niederländisch-amerikanischen Fabrikarbeiter namens Finn Harkon Magnus perfektioniert. Da die Kunststoffharmonika weniger Teile als traditionelle Mundharmonikas und geformte Kunststoffkämme hatte, war sie einfacher herzustellen, billiger herzustellen und hygienischer. Obwohl diese Mundharmonikas im Vergleich zu ihren Holz- und Metallversionen einen minderwertigen Klang erzeugten, wurden Magnus-Mundharmonikas schnell bei Kindern beliebt.

In den 1950er Jahren wurde die Mundharmonika in der Bluesmusik populär, besonders in Orten wie St. Louis, Detroit und Chicago. Aleck Rice Miller ist wahrscheinlich der bedeutendste Harmoniker dieser Zeit, der mit seiner kompletten Blues-Band im Süden für seine täglichen Sendungen in der Show „King Biscuit Time“ bekannt wurde. Er trug auch dazu bei, die Cross-Harp-Technik populär zu machen, die später zu einer sehr wichtigen Technik werden sollte.

Zeitgenössische, moderne Künstler wie Howard Levy und Jason Ricci haben die Grenzen der Mundharmonika immer Jazzband Kitzbühel  weiter verschoben. Überblasen, eine Technik, die es der Mundharmonika ermöglicht, volle chromatische Skalen über drei Oktaven zu spielen, wird von Künstlern wie Howard Levy, Adam Gussow und Chris Michalek in mehr Rock- und Bluesmusik integriert.